Οι κρανιοπροσωπικές δυσμορφίες μπορεί να είναι εγγενείς ή επίκτητες. Για τους ασθενείς με εγγενείς ανωμαλίες, ο μαιευτήρας ή ο παιδίατρος είναι αυτός που θα εκφέρει πρώτος γνώμη και θα συστήσει την απαραίτητη αγωγή. Στη συνέχεια πρέπει οι γονείς να απευθυνθούν σε ένα νοσοκομείο ή κέντρο που ειδικεύεται σε τέτοιου είδους ανωμαλίες ώστε να γίνει μια πλήρης εκτίμηση της κατάστασης και να συστηθεί η κατάλληλη μέθοδος αντιμετώπισης του προβλήματος. Η έγκαιρη διάγνωση του προβλήματος και εν συνεχεία η ενδεδειγμένη θεραπεία μπορεί να αποβεί ευεργετική για την υπόλοιπη ζωή του ασθενούς καθώς μειώνει τις πιθανότητες για την ανάπτυξη λειτουργικών προβλημάτων που σχετίζονται με τη δυσμορφία αυτή και συγχρόνως δεν υποβάλλει τον ασθενή αλλά και το περιβάλλον του σε περιττή ψυχολογική επιβάρυνση καθώς μεγαλώνει και αντιλαμβάνεται το πρόβλημά του. Το ίδιο ισχύει και για ασθενείς με επίκτητες ανωμαλίες καθώς πολλές φορές η επέμβαση μπορεί να τους απαλλάξει από λειτουργικά προβλήματα και να τους βοηθήσει να τονώσουν την αυτοπεποίθησή τους με τη βελτίωση της εξωτερικής τους εμφάνισης.

Παρά το γεγονός ότι η πορεία της κρανιοπροσωπικής ανάπτυξης του εμβρύου έχει ερμηνευθεί με μεγάλη λεπτομέρεια από την επιστήμη, εντούτοις παραμένουν άγνωστες οι αιτίες των ανωμαλιών που μπορεί να προκύψουν κατά την ανάπτυξη του εμβρύου. Κάποιες πιθανό να οφείλονται σε γενετικούς λόγους ενώ άλλες σε περιβαλλοντολογικούς παράγοντες. Το σίγουρο είναι ότι ακόμα γνωρίζουμε πολύ λίγα για τα ακριβή αίτια και η ελλιπής αυτή γνώση δεν επιτρέπει την πρόληψή τους.

Η πραγματοποίηση μιας κρανιοπροσωπικής επέμβασης εξυπηρετεί δύο σκοπούς: Πρώτον να επαναφέρει τον ασθενή όσο το δυνατόν πιο κοντά στις φυσιολογικές λειτουργίες και να εμποδίσει μελλοντικές δυσλειτουργίες. Δεύτερον να διορθώσει δυσμορφίες της δομής του προσώπου για να επιτευχθεί μια καλύτερη και κοινωνικά αποδεκτή εμφάνιση. Ένας ασθενής που πάσχει από μια δυσμορφία του προσώπου συχνά έρχεται αντιμέτωπος με προβλήματα ψυχολογικά και κοινωνικά. Συχνά η διόρθωση του σχήματος του προσώπου μπορεί να οδηγήσει στην αύξηση της αυτοεκτίμησης και της αυτοπεποίθησης καθώς και στην ευκολότερη κοινωνική ένταξη του ατόμου. Τα ψυχολογικά οφέλη μιας τέτοιας επέμβασης είναι εξίσου σημαντικά με την αποκατάσταση της λειτουργικότητας του προσώπου.

Τα τελευταία 10 χρόνια έχει επιτευχθεί μεγάλη πρόοδος στις ακτινολογικές μεθόδους για την προεγχειρητική ανάλυση των κρανιοπροσωπικών δυσμορφιών. Η χρήση τρισδιάστατων απεικονίσεων έχει αυξήσει δραστικά την ικανότητα των γιατρών να αναλύσουν πολύπλοκα προβλήματα και η χρήση των υπολογιστών παρέχει πολλές πληροφορίες πολύτιμες για την κατάληξη στον ιδανικότερο συνδυασμό θεραπειών και επεμβάσεων.

Επίσης έχει βελτιωθεί πολύ και η μέθοδος εφαρμογής στερεών ενθεμάτων στα οστά του κρανίου. Οι νέες τεχνικές επιτρέπουν στον χειρουργό να επιτύχει πολύ καλύτερη σταθερότητα και να αποτρέψει επιπλοκές που ήταν πολύ συχνές στο παρελθόν.

Η αντιμετώπιση των κρανιοπροσωπικών προβλημάτων δεν περιορίζεται στην επεμβατική τους αποκατάσταση αλλά συνεχίζεται για πολλά χρόνια. Η παρακολούθηση της πορείας της περιοχής είναι απαραίτητη τόσο από τον ίδιο τον ιατρό όσο και από μια ομάδα άλλων ειδικών (φυσιοθεραπευτής και ψυχολόγος σε πολλές περιπτώσεις). Όσο το παιδί αναπτύσσεται είναι πιθανό να εμφανιστούν ασυμμετρίες αν οι περιοχές του προσώπου δεν αναπτύσσονται ισομερώς. Επίσης, ορισμένες κρανιοπροσωπικές δυσμορφίες πιθανό να απαιτούν μια σειρά από επεμβάσεις για να αποκατασταθούν. Συνεπώς μέχρι την ολοκλήρωση της ανάπτυξης της περιοχής πρέπει το παιδί να παρακολουθείται ανά τακτά χρονικά διαστήματα για να διορθώνονται οποιαδήποτε προβλήματα προκύψουν, ακόμα και με ένα νέο χειρουργείο.